Come genero del potente capo Narbona, Manuelito divenne presto famoso, ma allora non era tanto disposto ai compromessi come Narbona e non ne voleva sapere di trattati. Probabilmente fu per questo che si tenne lontano anche dalle trattative di Bear Spring, o almeno non vi è la sua firma in calce al trattato. Il suo atteggiamento negativo nei confronti dei bianchi si rinforzò ancor più dopo la morte del suocero ad opera di un soldato americano, tanto che si mise a capo con Barboncito di quegli indiani che chiedevano la guerra, mentre Long Earrings e Ganado Mucho guidavano i Navaho favorevoli alla pace. Molti guerrieri si unirono a lui per i successi delle sue azioni di guerra e per il suo valore. Manuelito era alto più di cinque piedi, di bell'aspetto e di nobili lineamenti. Al contrario di altri capi che si vestivano in parte, o del tutto, alla messicana, portava abiti di pelle e stivali. Quando il suo cavallo Racer, un nobile animale famoso quasi quanto lui, rapido e intelligente come una serpe (a cui si deve il nome), gli fu rubato da un gruppo di Comanche, si mise al loro inseguimento con tutti i suoi guerrieri, fino ai confini dello Utah e attaccò i Comanche - che avevano appena piantato il campo - sfiniti. Al contrario dei Navaho i Comanche avevano i fucili, ma i Navaho compensavano la mancanza di armi da fuoco con un modo particolare di combattere velocemente a lato del loro cavallo e sfruttavano questa "copertura" quando il nemico aveva sparato e doveva ricaricare il fucile. Durante il duro scontro con i Comanche, Manuelito vide che uno dei nemici puntava il suo fucile su di lui. Con un balzo Manuelito si mise di lato, poi colpì il Comanche con la clava da guerra, ma l'altro aveva un fucile a due colpi e premette di nuovo il grilletto, colpendo Manuelito in pieno petto e facendolo cadere a terra. Suo fratello lo issò sul cavallo e galoppò via. Sapeva che Manuelito avrebbe potuto essere salvato se si fosse estratta al più presto la pallottola. Tra la gente di Manuelito si trovava un maniscalco messicano che sapeva curare uomini e animali e salvò la vita a Manuelito. In "ricordo" di quel giorno al capo rimase una profonda cicatrice sul petto, per questo gli americani lo chiamavano Pistol Hole. Il suo gruppo contava, intorno agli anni quaranta, circa cento uomini. Si spostavano continuamente nel paese, coltivavano mais in parecchi luoghi nascosti per proteggerli dagli attacchi "nemici" e portavano donne e bambini in canyon difficili da raggiungere. La costruzione di Fort Defiance spinse Manuelito e gli altri capi alla decisione di fare la guerra. Dal momento però che i Navaho erano abituati a combattere in piccoli gruppi, ognuno dei quali aveva un capo e combatteva in modo autonomo, non si sviluppò mai una guerra con un fronte esteso, ma una guerriglia, durata anni. Fa eccezione solo l'attacco a Fort Defiance del 30 aprile 1860. Le perdite subite durante gli scontri con gli americani furono particolarmente basse se si raffrontano a quelle subite da altre tribù. Nell'inverno del 1861, a Fort Wingate, allora ancora chiamato Fort Fountleroy, fu firmato un trattato per fare cessare le ostilità. Per alcuni mesi andò tutto bene, ma un massacro compiuto dai soldati il 22 settembre 1861 - inoltre del tutto immotivato - tra i Navaho, riportò la guerra. Negli anni successivi i singoli capi si arresero, uno dopo l'altro, con la loro gente, ma Manuelito non fu affatto di quell'idea. Carleton minacciò di condannarlo a morte, ma senza successo. Altri capi che si erano arresi cercarono, per incarico degli americani, di convincerlo, ma invano. Manuelito non voleva saperne di lasciare il suo paese per andare in una terra straniera, a Bosque Redondo:

C'è una tradizione nel mio popolo, per cui non dobbiamo mai superare i tre fiumi. Rio Grande, San Juan e Colorado. Anche le Chuska Mountains non ci è permesso lasciare. Non ho nulla da perdere, solo la vita, possono venire quando vogliono e uccidermi, ma non me ne andrò da qui.

Quello che non poterono ne amici, ne nemici, riuscì alla fame. Il 1° settembre 1866, Manuelito si arrese con quel che rimaneva dei suoi guerrieri. Trascorse i due anni successivi a Bosque Redondo finché il trattato del 1868 non pose fine alle insostenibili condizioni di vita della riserva. Nella riserva Navaho sulle Chuska Mountains, Manuelito amministrava come vice capo i territori della zona est, mentre Ganado Mucho era responsabile della zona ovest. Manuelito viveva nei pressi di Tohachi, l'attuale Manuelito Springs ed essendo sempre stato un guerriero, faceva solo l'allevatore di bestiame e non possedeva che un piccolo appezzamento di terreno, al contrario di Ganado Mucho che era diventato molto ricco e aveva a disposizione grandi greggi. Manuelito era tenuto in grande considerazione dai Navaho e quando sorgevano difficoltà nella riserva e alcune teste calde sfogavano il loro malumore, Manuelito faceva sentire la sua voce tonante e li avvertiva con severità:

Fratelli miei! Pensate che abbiamo dato la nostra parola. Mai più nessuna lotta o razzia! Prendete le vostre razioni e andate a casa a lavorare.

Le teste calde, umiliate dalle parole del venerato capo, resistevano così alla tentazione di fare altre razzie. Quando nel 1870, Barboncito morì, Manuelito e Ganado Mucho assunsero insieme il compito di guidare la tribù occupandosi instancabilmente del bene della loro gente e nel corso di feste e cerimonie ripetevano sempre:

Se avete bisogno di qualche cosa non rubatela. Fate uno scambio o compratela.

Nel 1872 arrivò un nuovo Agente per gli Indiani, Thomas Keam, che mise insieme una piccola truppa di Scouts che fungeva come una specie di polizia della riserva posta sotto il comando di Manuelito. Segretamente Keam voleva dimostrare ai vecchi capi quanto fosse serio il suo desiderio di pace e in effetti Manuelito eseguì con grande serietà e con grande successo, il suo nuovo incarico, anche se, poco tempo dopo, il Congresso ridusse la truppa a solo dieci uomini e quindi, in pratica, la sciolse. Nel 1876 il governo iniziò i rilevamenti per quel tratto di ferrovia poiché nel trattato del 1868 i Navaho avevano assicurato che non avrebbero impedito la costruzione della ferrovia, ma ora si rendevano conto che il percorso avrebbe sottratto una grande quantità di pascolo che per loro aveva un grande valore, in quanto già scarso, oltre a molte zone ricche d'acqua. Detto fatto Manuelito prese il treno e si recò con gli altri capi a Washington. Il Presidente spiegò loro che, per decreto, una fascia di quaranta miglia da entrambe le parti della linea ferroviaria sarebbe stata di proprietà della compagnia ferroviaria, ma, da parte sua, Manuelito chiarì al Grande Padre che non avrebbero più avuto foraggio sufficiente per le loro pecore e ottenne dal presidente un ampliamento della riserva. Nel 1879 i lavori della ferrovia cominciarono con il collocamento dei binari e nel 1881 arrivò il primo treno a Fort Wingate: poco dopo fu costruita una stazione più a ovest che in seguito portò il nome di Manuelito, in onore del grande capo, nome che porta ancora oggi. Nell'inverno dello stesso anno, arrivarono già i primi treni con provviste che riceveva Manuelito e da lì venivano portate con altri mezzi di trasporto a Fort Defiance. Poiché i Navaho, un anno prima, avevano ricevuto carri con buoi e cavalli, potevano provvedere direttamente al trasporto. Spesso lo stesso Manuelito accompagnava i convogli a Fort Defiance, guadagnando somme considerevoli. Poco a poco i Navaho si abituarono al nuovo modo di vivere e perfezionarono le loro capacità artigianali: lavoravano l'argento con grande abilità e i loro vasellami e i loro tessuti erano molto richiesti. Fu costruita una scuola per i bambini navaho, dove studiavano inglese e venivano insegnate nozioni di agricoltura e allevamento del bestiame così che, tornando alla tribù, avrebbero potuto far fruttare le loro conoscenze. Manuelito esortò i Navaho a mandare a scuola i bambini e diede per primo il buon esempio mandando i suoi figli più grandi. Purtroppo uno dei suoi figli morì poco dopo e Manuelito, per il dolore, cominciò a bere. Anche se si dichiarò, come prima, favorevole alla scuola, il suo tragico destino pesò in modo spaventoso sugli altri Navaho. Nel 1893 Manuelito morì, ma ormai era un uomo distrutto. Pochi giorni prima della sua morte aveva rivolto a suo nipote queste parole:

Nipote mio! I bianchi hanno molte cose di cui i Navaho hanno bisogno, ma non possiamo averle. È come se bianchi fossero in un canyon rigoglioso, dove hanno carri, aratri e cibo. Noi Navaho stiamo in alto, sull'arido altopiano. Possiamo sentire parlare i bianchi, ma non possiamo raggiungerli. Nipote mio! L'educazione è la scala necessaria. Dì al nostro popolo che deve accettarla!